Bidang Pendidikan Madrasah mempunyai tugas Melaksanakan penyusunan bahan dan pelaksanan kebijakan teknis, pelayanan, bimbingan teknis, pembinaan,  pengelolaan sistem informasi, dan penyusunan rencana, serta pelaporan di bidang kurikulum, sarana, kelembagaan, dan kesiswaan, serta guru dan tenaga kependidikan madrasah berdasarkan kebijakan teknis yang ditetapkan oleh Kepala Kantor Kementerian Agama Kota Jakarta Pusat

Dalam melaksanakan tugas  Bidang Pendidikan Madrasah menyelenggarakan fungsi :

1. penyiapan bahan perencanaan, penyusunan, dan pelaksanaan kebijakan teknis di bidang kurikulum, sarana dan prasarana, kelembagaan, dan kesiswaan, serta guru dan tenaga kependidikan madrasah;
2. pelayanan dan pemenuhan standar nasional pendidikan madrasah;
3. bimbingan teknis dan supervisi di bidang kurikulum dan evaluasi, sarana dan prasarana, kelembagaan dan kerja sama, serta kesiswaan madrasah;
4. pembinaan, bimbingan teknis, dan supervisi guru dan tenaga kependidikan madrasah;
5. pengelolaan data dan sistem informasi madrasah, guru dan tenaga kependidikan madrasah; dan
6. evaluasi dan penyusunan laporan di bidang  kurikulum, sarana dan prasarana, kelembagaan, dan kesiswaan, serta guru dan tenaga kependidikan madrasah.